杭锦后旗居有独特的小气候。地处北纬40°以上，属温带大陆性气候，年平均降雨量136.5mm，蒸发量1953.9mm；昼夜平均温差13.2℃，年平均无霜期152天左右，平均风速2.2米/秒，总体是昼夜温差大、无霜期长、西南风和东北风盛行；年日照时数3200小时以上，日平均气温大于等于0℃积温3711℃，日平均气温大于等于10℃积温为3238℃，日照率达72%，是全国光能资源最丰富的地区之一；黄河在全旗境内长14.5公里，过境年流量356.074亿m3，是全国八大自流灌溉农区之一。

　　由于独特的地理气候条件，加之境内又有河套地区最早开挖和改造的引黄自流灌溉渠系乌拉河、杨家河、黄济渠三大干渠，灌溉便利，自古就是一个宜耕宜牧的好地方。得天独厚的农业生产条件，为杭锦后旗发达的农业生产奠定了基础，从而赢得了“塞上江南”的美誉。